Il Comune, composto da 9 frazioni oltre il Capoluogo (Perrillo, Panelli, Sciarra, Motta, Pastene, Maccoli, Montorsi, San Marco ai Monti e Bagnara), si trova alla sommità di una collina sulla riva destra del fiume Sabato.

Da lontano è visibile il grande convento dei Liquorini, fatto erigere da Sant’Alfonso Maria de Liguori.

Le prime notizie su Sant'Angelo a Cupolo si incontrano per la prima volta in un documento del 1065 in cui si fa cenno di una donazione a favore del monastero di San Vittorino, di Benevento, di alcuni beni nelle pertinenza di "Cupoli".

Il nome del paese deriva da una chiesa dedicata all'Arcangelo Michele, già esistente in età longobarda, detta poi "a cupolo" perché situata nella zona più alta.

Il culto verso l'Arcangelo San Michele fu alimentato proprio dai Longobardi che consideravano l'Arcangelo il proprio protettore.

La località è poi menzionata in una bolla di Alessandro III, del 1168, diretta al convento di San Vittorino in cui si nominano le "terras de loco Cupuli".

Successivamente, nel necrologio di Santo Spirito di Benevento, è indicata la parrocchia di "Sant’Angelo a Cupolo". Sul paese non si ha alcuna notizia per tutto il periodo normanno e svevo, anche se risulta che all'epoca dei primi angioini era posseduto da tal Guglielmo di Sant'Angelo che possedeva beni feudali anche nel territorio di Montefusco.

Alla fine del XIII secolo ne era signore Andrea de Molisio. Nel 1362 sembra sia stato venduto da Leone dell'Aquila a Cerulo Gambatesa. Nel 1467 la terra di Sant'Angelo risulta essere unita a quella di Santa Maria a Toro.

In quell'anno Ferdinando d'Aragona accordava l'investitura della terra di S. Maria a Toro e del casale di Sant’Angelo a Cupolo a Leonardo Moccia di Napoli, figlio del defunto Troilo.

La famiglia che possedeva S. Angelo a Cupolo, infatti, patteggiò per Ferdinando d'Aragona durante la "congiura dei baroni" e questi, per riconoscenza, tolse il casale ai vecchi feudatari e, come detto, concesse il feudo a Leonardo Moccia.

Una notizia confermata dal Borgia quando sostiene che il feudo nel 1408 era posseduto da Nardo Moccia e che dalla famiglia Moccia passò all'arcivescovo di Benevento. Alla morte di Leonardo Moccia divenne erede della terra il primogenito Mariano (o Marino) che fu riconosciuto conte di Sant'Angelo il 20 gennaio 1508 da Ferdinando il Cattolico. Un'annotazione di quest'anno, inoltre, indica come proprietario di una piccola parte del feudo di Sant'Angelo a Cupolo l'arciprete di Benevento.

Il Moccia trasmise per vendita, col patto del riscatto, il casale di Sant'Angelo a Luigi Della Vipera, nobile di Benevento. Sempre il Moccia, nel 1559, vendette la facoltà del riscatto a Scipione Gambacorta di Napoli che però non esercitò tale diritto, per cui l'antico proprietario potè alienare una seconda volta il casale a un suo parente. Bernardino Moccia, con l'obbligo di riscattarlo dal Della Vipera.

Su questa ultima vendita veniva concesso il regio assenso il 30 novembre 1564. nello stesso periodo si susseguono varie contese fra il vicerè

 di Napoli e l'autorità ecclesiastica di Benevento circa quelle parti del territorio possedute dall'arcivescovo e dal Monastero di San Pietro di Benevento, la cui porzione di territorio venne in seguito denominata "Quarto della Badessa".

Dopo la morte di Bernardino Moccia i casali di Santa Maria a Toro e Sant'Angelo a Cupolo passarono al figlio Mario, che pochi anni dopo alienò a Maddalena Gentile, moglie di Marcangelo De Sotiis.

Nel 1602 i casali furono venduti sub asta a Mario Latino, di Benevento che però non venne mai in possesso di tali terre perché la città di Benevento e l'arcivescovo le occuparono e le ritennero facendosi fare una forzata cessione dalla famiglia Latino.

Nel 1630 la Regia Camera della Sommaria ratificò il possesso dell'arcivescovo della terra di Sant'Angelo a Cupolo che entrava così a far parte dei possedimenti della Chiesa.

Alla fine del 1700 il Papa Pio VI istituì una cosiddetta nobiltà rurale che legava il proprio uomo e il titolo a un proprio possedimento situato nei limiti del ducato.

In questo periodo, nel 1775, fu costruito da Sant'Alfonso Maria dei Liguori, il Convento dei Liguorini.

Questo Istituto influenzò notevolmente la cultura con la sua opera evangelica.

Nel settembre del 1860 Benevento passò al regno d'Italia e Sant'Angelo, con tutti i suoi casali, ne seguì la sorte entrando, nel 1861, a far parte della Provincia di Benevento appena costituita.